臺灣“中時新聞網”發文分析稱，陳吉仲的去留，綠營內部有兩派勢力在爭斗。一派認為陳若此時去職，無異承認政策出問題，火將向上延燒到高層；另一派則認為陳引發的巴西進口蛋事件已難收拾，應盡速去職，才不致波及到賴清德的選情。無論如何，這兩種想法考慮的都只是民進黨的利益，而非全民的利益。消費者最擔心的是，這些過期或者不新鮮的巴西進口蛋，會不會混充本土雞蛋，在市面上以散裝方式或加工后出售，甚至早已吃下肚。還有，此次進口巴西蛋的超思公司，以一人公司拿下政府大單，還讓陳吉仲護航，背后是否涉及更大的不法利益？是否有業者長期進口即期蛋供作食品加工使用，成為健康的隱形殺手？這些才是民眾關注的焦點。

　　分析指出，臺行政部門擔心火燒到陳建仁身上，要陳吉仲留下來擋火，但陳吉仲之前為了圓“沒有進口禽流感疫區雞蛋”的謊，已制造太多“有效期限”的謊，一個不被信任的農業部門負責人，又要如何消除民眾的疑慮？盡管陳吉仲已經道歉，但在野黨的批判沒有停止，陳吉仲二度請辭，為舒緩民進黨內派系斗爭，或許這才是陳吉仲下臺的原因。