抗生素的研究速度趕不上細菌耐藥的速度，細菌耐藥讓很多感染成為難治性疾病，為了預防在將來出現很多感染無藥可醫的狀況，全世界在抗生素使用方面都慎之又慎，尤其是西方國家，開個抗生素千難萬難，之前就有明星到國外拍戲患化膿性扁桃體炎，到醫院不給用抗生素硬扛了一星期以至于發熱不退起不了床的先例。

國內也實行嚴格的抗生素使用制度，除了抗結核以及其他一些特殊病原體的藥物之外，所有抗生素門診及出院帶藥只能開不超過一個星期的藥量，住院期間盡量以單藥為主，出院也盡量只開一種抗生素。

醫院里不同職稱的醫生有不同的抗生素權限，見習期沒滿的新職工以及低年資住院醫生無論在病房還是門診都沒有開抗生素的權限，高年資住院醫生以及主治醫生可以開出普通的二代頭孢類、青霉素類、氟喹諾酮類抗生素，副主任醫師可以開出三代頭孢抗生素，以及抗菌譜更廣但使用較少的高級抗生素，這樣做的目的是為了盡量延緩新問世的抗生素產生細菌耐藥性的速度。

很多事情是雙刃劍，有利有弊，嚴格控制抗生素的使用使很多需要長期使用抗生素的慢性疾病患者麻煩倍增，比如慢性阻塞性肺病嚴重患者以及彌漫性泛細支氣管炎需要長期使用阿奇霉素的患者需要一周來醫院配藥一次，有些患者需要服用六個月時間，增加了患者的負擔和門診醫生的工作量。